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"O estuário do Tejo, o maior da Europa Ocidental com os seus cerca de 320 km2 apresenta diversos habitats que contribuem para a sua enorme riqueza natural. Foram considerados como os principais habitats caracterizadores do Estuário do Tejo os seguintes: praias rochosas, bancos de vasa intertidais e subtidais, ostreiras, sapais e salinas.

Destacam-se, para cada um destes habitats, as características principais que justificam a sua importância, seja em termos da área que ocupam, do tipo de comunidades que suportam ou da importância que assumem na paisagem ecológica do Estuário.

As praias rochosas constituem um habitat pouco representado no Estuário do Tejo, existindo, fundamentalmente, entre a Trafaria e Cacilhas. São zonas sujeitas à influência das marés, o que justifica o tipo de comunidades que as colonizam. As características destas comunidades são, em muito, semelhantes às dos povoamentos de substracto rochoso da costa portuguesa, ainda que seja notória uma diversidade menor, justificável pelo sistema estuarino.

Os bancos de vasa, extremamente comuns no Estuário, dada a sua constituição (sedimentos finos), permitem a ocorrência de diversos invertebrados, o que justifica a enorme importância que este habitat apresenta para a alimentação de um elevado número de espécies com destaque para as aves limícolas. Na maré alta oferecem também biótopo de alimentação para diversas espécies de peixes, como as taínhas (Liza ramada, Liza aurata, Mugil cephalus e Chelon labrosus) e as patruças (Platichthys flesus).

As ostreiras constituíam, num passado não muito longínquo, povoamentos ricos e que eram explorados comercialmente. Hoje estão, praticamente, mortas. Não é, portanto, um habitat comum no Estuário, mas que apresenta uma importância significativa pelo tipo de diversidade florística e faunística que suporta. As conchas vazias, sobre substracto vasoso, conferem suporte para fixação de diversas espécies. Surgem espécies como a esponja laranja (Hymeniacidon sanguinea) e uma grande abundância de cracas (Balanus spp.) e mexilhões (Mytilus galloprovincialis). No entanto, o grupo mais representado nas ostreiras é o dos poliquetas, com referência a catorze espécies, destacando-se pela sua abundância Hediste diversicolori.

Os sapais constituem uma das zonas mais produtivas que se conhece. Apresentam um papel fundamental no equilíbrio ecológico do Estuário do Tejo e são ainda relativamente abundantes, ocupando cerca de 2 000 ha. A margem esquerda é aquela que apresenta as principais manchas de sapal, destacando-se o troço leste compreendido entre o Mouchão das Garças e Alcochete. Os sapais caracterizam-se pela presença de um tipo de vegetação específico, halófito, como a morraça (Spartina maritima), Arthrocnemum fruticosum e Halimione portulacoides. Nas zonas mais elevadas surgem tufos de Arthrocnemum glaucum e Sueda fruticosa. Os canais e esteiros que entrecortam os bancos de sapal são utilizados por plâncton e ictiofauna. As aves procuram, igualmente, este habitat. Tem-se assistido a uma diminuição generalizada das manchas de sapal no Estuário.

A importância do habitat “salinas” advém, fundamentalmente, da sua importância para o suporte das aves aquáticas. De facto, as salinas possibilitam a ocorrência de uma macrofauna diversa e rica que contribui para que este habitat seja utilizado para alimentação por diversas espécies de aves. Dos quase 1 000 ha de salinas que já existiram no Estuário, parte significativa encontra-se degradada ou transformada. Mesmo assim, o que resta, proporciona ainda importantes áreas de refúgio para largos milhares de aves limícolas. De entre as diversas espécies que utilizam as salinas destaca-se o pilrito-comum (Calidris alpina) e a tarambola-cinzenta (Pluvialis squatarola).

Verifica-se, portanto, que o Estuário do Tejo apresenta uma diversidade de habitats que justifica e condiciona a ocorrência de comunidades naturais interessantes."